免费获得忍者主要依赖于游戏内的多种系统和持续参与日常活动，玩家可以通过稳定积累忍者碎片来扩展收集。精英副本是获取忍者碎片的常规途径，每天提供三次挑战机会，首次通关还会返还体力，能够产出B级和C级忍者碎片，甚至包括部分A忍碎片，建议优先刷取主力阵容所需的忍者副本以高效利用体力。
日常活跃度宝箱提供了随机忍者碎片的来源，当玩家完成日常任务达到100点活跃度时即可开启，其中虽然多为C忍碎片，但偶尔能产出更高级别的碎片，增加白嫖稀有忍者的机会。每月的高招返利活动允许玩家通过囤积高招券参与，结合高招规律如在1月、5月、9月推出S忍和3月、7月、11月推出A忍，在活动期间抽取新忍者能提高获取效率。
组织商店是用贡献币兑换强力忍者的重要渠道，玩家通过参与组织活动如叛忍和要塞战积累贡献币，从而换取如纲手、自来也等忍者，加入活跃组织还能通过组织祈福获得稀有碎片。生存挑战模式在通关后提供卷轴，可用于商店中兑换A忍和B忍碎片，这是平民玩家稳定获取忍者的有效方式，每日挑战次数有限但奖励可观。
游戏中的免费招募系统包括普通招募和高级招募，虽然依赖概率但定期参与也能积累忍者碎片，无需直接消费。每月签到奖励固定提供C级忍者，积分赛商店则允许玩家用排名积分兑换忍者，这些方式都整合在游戏机制中，方便玩家通过日常活跃获取。忍者特惠礼包通过金币购买可获得忍者，而金币可通过游戏内任务积累，决斗场任务完成开启斗气宝箱也能随机得到B忍碎片。
试炼之地的生存挑战中，玩家可以用卷轴在商店兑换A忍和B忍碎片，每日兑换一片，长期坚持能逐步收集完整忍者。精英副本每日三次挑战通常每次获得一个忍者碎片，需耐心扫荡；活跃度宝箱、周常任务如追击晓组织和忍法帖则提供更高质量的碎片，这些活动都是免费刷忍者的核心部分。
